公司实行董事会领导下的总裁负责制，下设7个中心，一园两院的集团化组织架构。公司总裁及资本运作中心总监由董事会任命，其他主要人员由总裁提名经董事会审议通过后任命。

战略发展中心：
负责进行公司战略环境和投资环境的分析，重点关注海洋生物产业发展趋势与走向，研究国家的产业结构调整方向，分析行业发展动态及市场动态并提交分析报告；对公司重大投资、合资、合作项目进行调研、评估，出具商业计划书;负责牵头公司重大项目的持续推进工作。

资本运营中心：
负责财务管理与分支机构的资金管理和统筹；对公司集团的财务监控承担公司融资投资扩股及前期上市准备，协助总经理制定并实施公司中长期发展规划和年度经营计划；负责资金筹划；组织制订财务管理和内部控制制度，防范经营风险，确保公司资产的经营安全和增强效益；组织财务核算工作；策划税务管理；负责经营成果分析品牌运营中心：打造海洋生物产业知名品牌，负责日常与媒体的合作推广，负责企业的形象推广和企业公益活动的参与、组织和实施。

人力资源中心：
为公司提供优秀人员保障，与战略发展中心、资本运营中心等部门建立人才长期使用计划，建立期权奖励机制；参与分析、研究、制定企业人力资源发展战略规划；负责新员工的招聘与录用工作；负责公司员工薪资核算与管理工作；负责编制与组织实施公司员工的培训工作；负责员工人事档案管理工作。

行政管理中心：
建立健全公司行政管理制度，并监控公司制度体系运行情况，负责公司行政事务、后勤保障工作；各部门行政事务的联络工作；承担公司法务、公关职能；负责公司内部的绩效职能考评；负责公司安全、保卫、消防与环境保护工作。

国际贸易中心：
向国外出口以海洋生物为原料，利用现代生物技术生产的安全、高营养、高活性的海洋生物医药以及食品的原料或终端产品。

国内营销中心：
以“蓝色海洋生活馆”模式，在全国展开招商加盟工作，拓展国内拓展市场，计划在2010年国内建成“蓝色海洋生活馆”不少于200家，2011年500家，2012年推广到1000家；建立以电子商务为手段的终端销售模式，承担国内生产园区及基地产品、原料在国内市场的销售、大宗物料的采购、招投标工作等。

海洋生物研究院：
以研究海洋生物医药为主，开展国际学术交流与合作；承担国家重点科研工程项目，973、863，星火计划等，组织国际学术交流，国际科研合作，与美国科研院所及机构、日本东京大学海洋研究所等，展开项目攻关等积极合作，参与国际尖端学术交流及国际标准的制定工作。

产业基地管理中心：
中心设在青岛海洋生物产业园的核心区，负责管理全国产业园区，主要是：以长江三角洲、珠江三角洲、环渤海经济圈为重点的海洋生物产业园或生产基地，进行技术支持，人才支持和管理支持，以山东半岛为核心基地，在大连、青岛、舟山、湛江、北海、深圳、苏州、湖北等地建立生产基地和生物医药产业园。

贝尔特管理学院：
负责对企业内部的培训，特别是组织对管理人员的培训和学习，负责与专业对口的重点院校进行人才开发合作，设立奖学金制度和定向培养机制，建立人才特别激励计划。